Margarida pertencia à família Ebner, muito rica e respeitada, da aristocracia alemã. Ela entrou no Mosteiro de Maria Santíssima em Medingen, da diocese de Augusta, e tinha apenas quinze anos de idade quando vestiu o hábito dominicano.
Depois, de 1314 até 1326, sofreu diversas e graves enfermidades, as quais quase a levaram ao fim da vida. Mais tarde, por causa da guerra, a comunidade monástica dispersou-se e Margarida voltou para a casa paterna, na qual continuou a viver totalmente reclusa, dedicada à oração e à penitência.
Quando tudo retornou ao normal, ela voltou para a clausura daquele mesmo mosteiro. Em 1332, conheceu o sacerdote Henrique Susso, hoje também santo, que logo se tornou o seu diretor espiritual. As duras provações físicas por que passou lhe proporcionaram adquirir os dons das revelações, das visões e das profecias. Tanto assim que ela escreveu em seu diário que no dia 1o de novembro de 1347 foi recebida em matrimonio espiritual por Jesus.
Margarida Ebner foi, sem dúvida, a figura central do movimento espiritual alemão dos “amigos de Deus”. A sua espiritualidade segue o ano litúrgico e concentra-se na pessoa de Jesus Cristo.
O seu diário espiritual, escrito de 1312 até 1348, que chegou até os nossos dias, revela a vida humilde, devotada, caritativa e confiante em Deus de uma religiosa provada por muitas penas e doenças. Ela que viveu e morreu no amor de Deus, fiel na certeza de encontrar-se em plena comunhão com seu Filho Jesus, como sempre dizia: “Eu não posso separar-me de ti em coisa alguma”. A beleza dessa alma inocente foi toda interior.
A santa humanidade de Jesus foi o divino objeto da sua constante e amorosa contemplação e nela reviveu os vários mistérios no exercício da virtude, no holocausto ininterrupto dela mesma, no sofrimento interno e externo, todo aceito e ofertado com Jesus, para Jesus e em Jesus. Margarida Ebner morreu no dia 20 de junho de 1351, no Mosteiro de Medingen, onde foi sepultada.
Sem dúvida, entre os grandes místicos dominicanos do século XIV, brilha a suave figura desta religiosa de clausura que conquistou o apelido de “Imitadora Fiel da Humanidade de Jesus”. Em 1979, o papa João Paulo II ratificou o seu culto com sua beatificação, cuja festa “ad imemorabili” o mundo católico reverencia no dia do seu trânsito.