Príncipe da Espanha, Francisco nasceu na família dos Bórgia, em português Borja, no dia 28 de outubro de 1510, em Gáudia, Valença. Teve o mérito de redimir completamente a má fama precedente desta família desde a remota e obscura época medieval, notadamente em Roma. Ele era parente distante do papa Alexandre VI e sobrinho do rei católico Fernando II, de Aragão e Castela. Os Bórgias de então já eram muito piedosos e castos, o que lhe garantiu uma educação esmerada, dentro dos princípios cristãos, possibilitando o pleno exercício de sua vocação de vida dedicada somente a Deus.
Mesmo vivendo numa Corte de luxo e de seduções mundanas, Francisco manteve-se sempre firme na busca de diversões sadias e no estudo compenetrado e sério. Na infância, foi pagem da Corte do rei Carlos V, depois seu amigo confidente. Como não gostava dos jogos, ao contrário da maioria dos jovens fidalgos da época, cresceu entre os livros. Mas abominava os fúteis. Preferia os de cultura clássica, principalmente os de assunto religioso. Esta mesma educação ele repassou, mais tarde, pessoalmente aos seus oito filhos.
Tinha dezenove anos quando se casou com Eleonora de Castro e, aos vinte, recebeu o título de marquês. Apesar do acúmulo das atribuições políticas e administrativas, foi um pai dedicado e atencioso, levando sempre a família a freqüentar os sacramentos e a unir-se nas orações diárias.
O mesmo tino bondoso e correto utilizou para cuidar do seu povo, quando se tornou vice-rei da Catalunha. A história mostra que a administração deste príncipe espanhol foi justa, leal e cristã. Os seus súditos e serviçais o consideravam um verdadeiro pai e todos tinham acesso livre ao palácio.
Entretanto, com as sucessivas mortes de seu pai e sua esposa, os quais ele muito amava, decidiu entregar-se, totalmente, ao serviço de Deus. Em 1548, abdicou de todos os títulos, passou a administração ao filho herdeiro, fez votos de pobreza, castidade e obediência e entrou, oficialmente, para a Companhia de Jesus, ordem recém-fundada pelo também santo Inácio de Loyola. Meses depois, o papa quis consagrá-lo cardeal, mas ele pediu para poder recusar. Porém logo foi eleito superior-geral da Companhia.
Nesse cargo, imprimiu as suas principais características de santidade: a humildade, a mortificação e uma grande devoção à eucaristia e à Virgem Maria. Ativo, fundou o primeiro colégio jesuíta em Roma, depois outro em sua terra natal, Gáudia, e mais vinte espalhados por toda a Espanha. Enviou, também, as primeiras missões para a América Latina espanhola. E foi um severo vigilante do carisma original dos jesuítas, impondo a todos a hora de meditação cotidiana.
Morreu em 30 de setembro de 1572. Deixou como legado vários escritos sobre a espiritualidade, além do exemplo de sua santidade. Beatificado em 1624, são Francisco Bórgia foi elevado aos altares da Igreja em 1671. Foi assim, por meio dele, que o nome da família Bórgia se destacou com uma glória nunca antes presumida.